に日付を入れたいときは、ターミナルを開いて defaults write "Apple Global Domain" AppleICUTimeFormatStrings -dict 2 "M'/'dd' 'HH':'mm':'ss" と入力し、その後再起動。

気づいたら以前にも増して積極的にmacを「試用」している今日この頃。あくまでフツーに使えるようになりたい願望とmac miniの軽快さによるものが大きいので悪しからず^^;。 まあ、こちらも「二刀流」を目指す！ということで。。

最初、説明をよく読まずにintel mac用でなくpowerPC用を入れていて、当然エラー。。intel mac用のFink導入はこちらを参考に。。shellの設定ファイルのテンプレートを cp /sw/bin/init.sh ~/.profile でコピーした後にshell(ターミナル)を再起動しないとだめ…

ウワサのintel Core Duoでメモリ2GB、HDD120GB搭載もすごいが、なにより手元にきた実物の小ささと静かさに感動。解析環境構築系の極みとして、これからがしがしと使うべく諸々をsetup。...ヤバい、これはマカー化がかなり加速しそうな予感。。

してみたら、土壇場でミス発見。いちおう確認しておいて良かった。 あとは実戦でどうかだけ。まあでもあの演習なら、ね…。

午前中のうちに終わる予定が結局一日費やしてしまったが、スライドはほぼ完成したし、理論に関してもだいたいのイメージはつかめた…、かな＾＾；。 bayes法の理論について調べていて驚いたのは、googleの検索エンジンはこの理論・原理を採用し、高い確率で適…

4日にわたったMrbayes奮闘記も峠が見えた感じ。スライドの完成度は90%。 あとは理論の理解か。これが一番難しいかも…。

今日は設定をいろいろと変えて検証。やはり実行ファイルの定義記述とMCMCの記述、それに出力データの解析の記述を一つのファイルにまとめてあるのが問題だという結論に達する。授業で配布されたプリントには一つにまとめてと書いてあったが、ソフトのversion…

やはり計算は終わっていなかった…。 やっとこさ計算が終わったのは15時頃。logを見ると計算時間は107000秒＝約29時間！！ これだけ長くなったのは、予定では10,000世代の計算だけだったはずが、一気に1,000,000世代を計算していたからと判明。きちんと設定し…

一日経って落ち着いて昨日のerrorメッセージをよく眺めてみた。 Executing file "gene1.bay" UNIX line termination Longest line length = 82 Parsing file Expecting NEXUS formatted file Reading data block Allocated matrix Matrix has 18 taxa and 59…

大学院の演習の課題となっているMrbayesを用いた系統樹作成のためにまずはインストール。 % tar xvf mrbayes-3.1_src.tar % cd mrbayes-3.1 % make % sudo # cp mb /usr/local/bin # exit その次に、ちょうど手元にあったかずさのWSで使った配列データをClus…

今日の朝から発症してたこの病気は、/Desktopの権限がいつの間にか自分じゃなくなってたことが原因だった。 ls -la で権限確認し、 sudo chown -R ****.**** ~/Desktop/ であっさり解決。 昨日いろいろインストールとかしたときに変更してしまった悪寒。また…

先週の続きで一気に最後まで。やり方が書いてある部分は概ね詰まらずにいけたが、いくつかの課題にてこずる。EMBOSSのUSAは慣れればとても便利そう。今後はこれらを実際の解析のときに適切なソフトウェアを効果的に使えるかどうか。しかし、シェルスクリプト…

先日のワークショップでのMacOSX実習の振り返り。今日はBLASTとEMBOSS、コピペとの連携の途中まで。復習はさくさくと進んだが、EMBOSSの課題のあたりでかなり手間取る。tfmで詳細なマニュアルを参照しても、分からないところが多々＾＾;。それに英語の勉強も…

午前中は講演続き＋Q&Aコーナー。やっぱりちょっと難しい…。しかし、勉強初めて1ヶ月で全部分かる方が不思議なので、これから着実に進めていきたい。 午後はMacOSX実習。定員15名の少人数制。内容は以前参加した生化若手夏の学校の続きといった感じ。夏の学…