MrBayes3.1.1

bio mac memo

大学院の演習の課題となっているMrbayesを用いた系統樹作成のためにまずはインストール。

% tar xvf mrbayes-3.1_src.tar
% cd mrbayes-3.1
% make
% sudo
# cp mb /usr/local/bin
# exit

その次に、ちょうど手元にあったかずさのWSで使った配列データをClustalXでアラインメントし、NEXUS形式でファイルを保存した後、 MrBayes で読み込める形式に編集。
続いて以下の構文をファイルの末尾に追加。

BEGIN MRBAYES;
log start filename=ファイル名.log replace;
charset 1st_pos = 1-.\3;
charset 2nd_pos = 2-.\3;
charset 3rd_pos = 3-.\3;
partition by_codon = 3:1st_pos,2nd_pos,3rd_pos;
set partition = by_codon;
lset nst=6;
prset ratepr=variable;
mcmcp ngen=10000 printfreq=1000 samplefreq=100
nchains=4 savebrlens=yes filename=ファイル名;
mcmc;
log stop;
END;

準備万端、いよいよ実行！しかし無常にも画面にはerrorの文字が…orz。
うーむ、なぜだ…。