memo

MrBayes奮闘記

一日経って落ち着いて昨日のerrorメッセージをよく眺めてみた。 Executing file "gene1.bay" UNIX line termination Longest line length = 82 Parsing file Expecting NEXUS formatted file Reading data block Allocated matrix Matrix has 18 taxa and 59…

MrBayes3.1.1

大学院の演習の課題となっているMrbayesを用いた系統樹作成のためにまずはインストール。 % tar xvf mrbayes-3.1_src.tar % cd mrbayes-3.1 % make % sudo # cp mb /usr/local/bin # exit その次に、ちょうど手元にあったかずさのWSで使った配列データをClus…

ダウンロードできない病

今日の朝から発症してたこの病気は、/Desktopの権限がいつの間にか自分じゃなくなってたことが原因だった。 ls -la で権限確認し、 sudo chown -R ****.**** ~/Desktop/ であっさり解決。 昨日いろいろインストールとかしたときに変更してしまった悪寒。また…

続 vine linux3.2 アップグレード

先日アップグレードにコケてそのままだった件に着手。sources.listの編集はsudoを付け忘れていただけ、という初歩的なミス。 さらにプロキシ経由で接続できなかったのは、 設定ファイル /etc/apt/apt.confの末尾に Acquire::http::Proxy "http://プロキシサ…