MrBayes奮闘記

一日経って落ち着いて昨日のerrorメッセージをよく眺めてみた。

Executing file "gene1.bay"
   UNIX line termination
   Longest line length = 82
   Parsing file
   Expecting NEXUS formatted file
   Reading data block
      Allocated matrix
      Matrix has 18 taxa and 598 characters
      Data is Protein
      Missing data coded as ?
      Data matrix is interleaved
      Gaps coded as -
      Setting default partition (does not divide up characters).
      Taxon  1 -> gi
      Unrecognized Protein character '|'
      Error while reading character position 0 (charCode -1)
      Deleting matrix
   Error when setting parameter "MatrixInfo" (2)
   Error in command "Execute"

"|"がイカンってことに割とすぐに気がつく。昨日気づけ、自分。
改めてファイルを見てみると、遺伝子名の前のaccession numberのとこに｜があった。そーいえば。。
ここの記述を無くして配列データをDLできないのかなと考えながらも、まずは動作確認ということで手動で消去。
そして満を持して

MrBayes > exe gene1.bay
MrBayes > mcmc

で、無事走り始めた！

ちょっと時間がかかりそうだったので、この間に発表用のスライド作り。
使い慣れたpowerpointで作ろうかと思ったが、せっかくの機会なのでkeynoteに初挑戦。keynoteのおかげか単にmacで作っているからか、powerpoint＠winよりきれいな気がする。
今日一日かけて50%ぐらいは出来上がる。
そろそろ計算も終わってるだろうと思って見てみると、まだ終わってない・・・。
とりあえず一晩夜通しがんばっていただく事にしよう。
しかし、明日の朝終わってなかったら、どうしよ。。