unix
上図のようにEnsemblに自分で計算したSayaMatcherの結果をマッピングしたい!という当然の欲求を満たすために必要なLDASサーバの使いこなしの入門編メモ。 （とりあえずLDASサーバが設置・導入されている前提で） 1.SayaMatcherで計算した結果のファイル（hog…
sftpはタブ補完が出来ないので不便と思っていたら、lftpでsftpみたいなことが出来ることが判明。古いver.のlftp(ver.2.x)だと出来なかったので、ver.3.5.1にアップデートしてから。 lftp sftp://(接続先URL) 実はsftpの存在も今日知った^^;。。
ma_koさんからgrepのちょっとした技を教えてもらう。 less hoge.txt |grep --color hogehoge とするとhoge.txtの中の「hogehoge」を含む行が抜き出されて、hogehogeのように色がついて出力される。
SayaMatcherによる「実験」系を一通り使えるようになって、今日まででとりあえず最終的な絞り込みoutputを得ることができるようになった。ここに至るまでの大変さは、wetの実験系確立の大変さと同じだなぁとしみじみ実感。 あとは、この一連の流れを現状の手…
・count.prl #!/usr/bin/perl while(<>) { my($word) = split; $num{$word}++; } foreach (sort keys %num) { print "$_\t$num{$_}\n"; } ・candidate.txtの1列目のカラム（IDの列）を抜き出して、IDの数を数えて、その数（2列目）を数値的に降順にしてソー…
いよいよ本格的に。以前ちょろっと計算を仕掛けたときに比べると分からない箇所は確実に減っていることは実感できるけれども、最低限のリテラシのような部分が抜けてたりすることが多々あるので、路上教習に出るにはまだまだ。『直感は経験で磨く』べく精進…
再帰的に（-r）、robots.txtを保存して終了しちゃうのを無視して（-erobots=off）、wgetするには、 wget -r -erobots=off "http://・・・（URL）"
CD-Rが無事に供給されインストールの続き。ほぼフルパッケージで。フォントが新しくなって見やすくなったのと、デスクトップの絵がDNA風になっててかっちょいい。 まずVNCをと思い先週FC5でやったのと同じように設定を変更してもtwm→gnomeの切り替えがうまく…
先日、Fedora Core6がアナウンス通りにリリースされたのを受けて。 いざクリーンインストールと思ったらCD-Rが切れてしまっていてとりあえず１枚だけ焼いて動作確認。途中で止まったりなど特に問題はなさそう。 続きは後日。。
研究室ウェブサーバーの老朽化→退役に備えて、使わなくなったマシンの壊れたCDドライブを換装してからFC5をインストール。以前は途中でコケてうまくいかなかっただけに、無事インストールできたことを喜ぶのも束の間、来週くらいにFC6が出る模様。。以下、い…
をひたすら解き続ける小学生の夏休みのような今日この頃。だいぶ書き方とか礼儀作法が分かってきた感はあるが、＠とか＄とかに入れたり出したりのイメージがまだスムーズじゃない。 とはいえ近道は小学校の頃と同じで、ただひたすら計算ドリルを解き続けるの…
数字の0（ゼロ）とアルファベットのO（オー）を打ち間違えてたことに気付かずに、構文エラーをクリアするのに１時間以上費やしてしまった…orz。 キーボードの位置も近いしフォントによっては区別がつきにくい（今回はコレ）ので要注意、と自戒。
しかも超高速な。 ちょっとしたシェルスクリプトで自動処理を実現できたときの率直な感想。今までexcelとテキストエディタを使って、ちまちまごにょごにょと少なくとも30分以上は費やしていた作業プラスreciplocal best hit探索を加えても、ぽちっとenter押…
とりあえず、この間の本は必要な部分をかいつまんでざーっと読破。でもやっぱりモチベーションという面で本を見ながらでは正直イマイチなので、次の段階として自分のデータを使って、いわゆるBLAST searchの双方向ベストヒットってやつを探索してみつつ、プ…
if文とかfor文とかwhile文とかcase文とか。。 この辺が自在に使えるようになればかなり違うはず、と手を動かし写経しながらしみじみ思う、が、まだまだ５合目付近をうろうろと。
と称して、とりあえず今月いっぱいは9時〜12時をプログラミング集中講義の時間とすることに決めた。なんだかんだでおざなりになっていた感は否めないので、やる時間を制限して短期集中型で。UNIX シェルスクリプト辞典 (DESKTOP REFERENCE)作者: 志田智,川井…
例によってrsyncでwin、mac、サーバのデータの同期化兼backup。…の前にふと思い立って、これまで放置していた多くの日本語名ファイルを英語名に書き換える作業もこの機会に。
…僭越ながら。。当然理解の浅いところもしばしばあって、教えるほうが勉強になるぐらい^^；。
まさにそんな感じ。机を並べて一緒に修行することになった人を見ながら。
メモミスではまりかける。。今回は「+」と「ｔ」の違い。 コマンドとかコード系の直筆メモは特に要注意!!と自分に言い聞かせる。
これは「計算」じゃなくて「実験」だということ。これ重要。 これからげしげし「茶道」を習熟すべし。
修行から帰ったときの手土産になるであろう某wikiをいろいろとあっち用に試作してみたり。wiki記法がいろいろとあるけれどもblog書くときも当然ながらはてなの記法を使ってるので、おかげさまでこういうちょっと特殊な既述にも全然抵抗なし^^。これも一つのb…
でv38になって、humanがNCBI36にmauseがNCBI35ベースにそれぞれUpdateされたのを受けて、先日のtblastxを再計算。人間がやることとしては計算を仕掛けるだけだったのに、いろいろとうっかりミスや間違いが頻発して思いのほか時間がかかってしまった…orz。ま…
ちょうど区切りもいいし、いつやったか分かりやすいので、これから月例報告会の度にバックアップをとるべし、ということで早速rsyncで。 ２回目以降の実行時はbackup元で更新されたファイル、追加されたファイルだけがbackup先にコピーされるので前回よりか…
そしてアノテーションをつけていくには、核酸対核酸なblastnだけで満足していてはダメだった…^^;。対アミノ酸をやり始めたとたんにエラー続出で立ち往生。しばらくして、どうやらアミノ酸置換に用いられるBLOSUM62がないと言われてることが分かったので、探…
BLASTがCygwinで動かせることが分かったのでその余勢をかってEMBOSSを導入してみる。 こちらの詳しい解説を参考にして無事導入に成功。
に挑戦。今まで単純にバックアップ先にコピーしていただけだったけれど、かなり簡単で感嘆。 バックアップ元のマシンから rsync -avz -e ssh （backup元ディレクトリ）（backup先マシン名）: （backup先ディレクトリ） で終了。 『2回目以降のコピーでは更新…
bioinformatics-jpでの日本のユーザグループBUGJAアナウンスを受けて。（「特に」な、はてなダイアリーだし＾＾；） まだまだ足を踏み入れられていないbioperlだけれど、これから勉強していく者にとって「日本語の情報を公開し、日本語でディスカッションす…
