LDASサーバ使いこなし・入門編

bio unix


上図のようにEnsemblに自分で計算したSayaMatcherの結果をマッピングしたい!という当然の欲求を満たすために必要なLDASサーバの使いこなしの入門編メモ。


（とりあえずLDASサーバが設置・導入されている前提で）
1.SayaMatcherで計算した結果のファイル（hoge.das）をLDASサーバのあるマシンに転送する。
2.LDASサーバのマシンへ移動し、MySQLのデータベースを作る。

mysql -uroot

>create database hoge;
>grant select on hoge.* to apache@localhost
>grant all privileges on hoge.* to ユーザ名@localhost

3.ldas_bulk_load.plの実行

~/LDAS/Ldasserver-1.12/scripts/ldas_bulk_load.pl --database hoge hoge.das

4.じっと待つ

5.SayaMatcherのDASの使い方を参照して、Ensembl側の設定を適切にごにょごにょすればOK!