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統合TV (togotv) - 日本語バイオポータルサイトJabionを使い倒す 〜遺伝子百科編〜

アップデート。Jabion第2弾は遺伝子百科編。遺伝子名でググるとよくヒットしたりして目にする機会も多いサービス。日本語で検索できるのはとてもいいんだけれども、検索結果のインターフェイスが英語だったり、ゲノムビューアもEnsemblのほうが現行ではよさ…

Skylight

Mac用ランチャーのquicksilverのWin版みたいな感じのソフト。現行のfenrirに比べて動きがちょっともっさりだけど、試用してみる。

統合TV (togotv) - 日本語バイオポータルサイトJabionを使い倒す 〜文献検索編〜

アップデート。これまでなぜか取り上げられてなかったJabionの第一弾。いろいろとコンテンツがあるのでシリーズ化の予定。

ひさびさにR

を使って、マイクロアレイデータのRMA補正した結果をcsvファイルに出力しようと library("affy") data csv") をしたら、 以下にエラー function (classes, fdef, mtable) : unable to find an inherited method for function "exprs2excel", for signature "…

統合TV (togotv) - WINGproを使ってバイオ分野の多様なデータベースを知る

新年初アップデート。日本語で書かれたデータベースのデータベース、WINGproネタ。

Parallels Desktop 3.0 for Mac ビルド5582

leopardに正式対応とのこと。これで時々挙動が不安定なのが解消されるか。

統合TV (togotv) - DBTSSを使って遺伝子の発現制御領域(プロモーター領域)を調べる

アップデート。統合TVの記念すべき40番組目は、遺伝子の転写開始点やプロモーター領域を調べることができるDBTSSの紹介。Solexaのデータが最近追加されて、いろいろと使えそう。

IE7 Tweak Utility

IE7の検索バー/コマンドバー/メニューの表示を消したり配置換えしたりできるツール。

統合TV (togotv) - Jpredを使ってタンパク質の二次構造予測をする

アップデート。タンパク質立体構造系は詳しくないので、今後とも要勉強なところ。

統合TV (togotv) - NCBI Entrezの総エントリー数を調べる

アップデート。WinXP&IE7と銘打ってるけれども、実はMacで作成という第1弾。

Gmailのラベルに色ついた

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ラベルの右側をみると色選択ができるようになってた。見やすい。

統合TV (togotv) - GenePaintを使ってマウスの胚や脳における遺伝子発現の局在を調べる

アップデート。マウスの胚や脳のin situ hybridizationのデータベースネタ。発現状況・部位とかで検索結果を絞り込めるのはなかなか有用。

Gmail Newer version

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なんかいつもと違和感があるなぁと思っていたら、Gmailの新バージョンがリリースされていた模様。 新バージョンではコードの見直しを図ったことで現行バージョンと比較して高速化を実現。また、メッセージを先に読み込むことでGoogleのサーバーにアクセスせ…

統合TV (togotv) - InterProScanを使ってアミノ酸配列の特徴を検索する

アップデート。一日一エントリに滑り込みセーフ。

アップデート達

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windowsの月例とSleipnir 2.6のリリース。

統合TV (togotv) - GO Terms Classifications Counterを使ってマイクロアレイデータを可視化する

アップデート。 GO termを使って分類、可視化するツールの紹介。もうちょっとキレイに出力されたりするとさらにhappyだったりするけど、webで手軽にできる点は○。

ダウソな日

某candidateをやっつけていく目星を付けるのに役立ちそうなpublicなデータをNCBI GEOでがっつり探索してみる。しばらく見ぬ間にデータが倍くらいに増えていて、めぼしいデータはしこたまDL。

最近

NatureからPDF落とそうとすると途中で止まっちゃうような現象が続発中。。 翌日とかに再度見に行くと平気だったりするから向こう側の問題?

統合TV (togotv) - Info-PubMedを使って遺伝子・タンパク質間相互作用情報を調べる

アップデート。軽量化を目指したものの、なんだかんだでやっぱり長くなってしまった。。 某関係スジからの情報によるとIE7未対応というところは、今後も改善されないっぽいとのこと。

Spotfire DecisionSite 9.1

ログインするのを忘れてて、久々にログインしてみたら起動が遅い、と思ったらアップデートが出ていた模様。(2007.10.19にリリースされてたっぽい。) 機能的にどこが新しくなったのかはまだ詳しく分からないけれども、とりあえず図が見やすくなったのとカー…

統合TV (togotv) - Human Protein Atlasを使って組織・細胞におけるタンパク質発現情報を調べる

update。気がつけば6分15秒の大作になっていた。 さまざまなヒトの組織やガン細胞、細胞株におけるタンパク質の発現情報を免染写真を見ながら調べることができるHuman Protein Atlasの紹介。 ちょっと抗体のカバー率が低いのが難点だけれども、逆にカバー率…

Ensembl Release 47

あがっているのに気づいてなくて、たまたま見に行ったら更新日時が今日になっていてタイミングの良さにびっくり。 For release 47 we have rearranged our FTP directory structure, so that instead of being / it will be /. ftpサイトのディレクトリ構造…

統合TV (togotv) - オンライン人体地図サービス「アナトモグラフ」を使い倒す

うpでーと。統合ホームページで提供されてるアナトモグラフの紹介。

Primer3plusが…

今日も使おうと思ったら、落ちとる…orz。 primer3はOKなんだけども。 復旧してた。(20:00)

統合TV (togotv) - Webブラウザの検索バーを生命科学向けにカスタマイズする

アップデート。IE7がどれくらい一般に浸透して使われているかが心配だけれども、IE7にあげると便利だと実感する例の一つかと。

統合TV (togotv) - 「統合ホームページ」でデータベース横断検索を使いこなす

連日アップデート。ここのところ長編が続いたので今回はあっさりと。

統合TV (togotv) - PubMedの検索結果を定点観測する その2

アップデート。おまけをつけたら本編より長くなってしまったのはご愛嬌。。

放送事故

チェックが甘かった模様。。原因究明→復旧。 以後気をつけるべし。

統合TV (togotv) - PubMedの検索結果を定点観測する その1

アップデート。データベース系は一休みで、そのスジの人は必ず使うPubMedの裏ワザ系。

統合TV (togotv) - MGIの使い方その2 発現情報を調べる

アップデート。なぜか日に日に容量が多くなってしまってるのがナゾ。。