mart_GO.prl

EnsMartで取ってきたGOのIDとaffyのアレイIDのヘッダー行を除いて、空白行も除いてカラムの順番を入れ替えるためのperlスクリプト。
つまりは、SpotfireのGene Ontology Browser用のGene annotation file formatへの変換用だったりする。。

#!/usr/bin/perl
$no = 0;

while(<>) {
	chomp;
	++$no;
	my($GOID,$affyID) = split(/\t/);
	if($no == 1) {
	    next;
	}
	if($GOID ne '') {
		if($affyID ne '') {
		    print "$affyID\t$GOID\n";
		}
	}
}

難しい漢字の読みはなんとなく分かるけれども、いざ書こうとすると書けない、というのと同じような現状のperlレベルをなんとか向上させねば。。