R & Bioconductor備忘録

bio R

DL祭りのあとはR祭りと思っていたらいろいろトラブル続出でてんやわんや。。
メモミスしてたり、設定ファイルがどこかに行って行方不明とかで今後困らないようにここに記しておく。


・Rのインストールはここから辿る。

・（macの場合）RのアンインストールはApplicationに入ってる「R.app」を削除して、さらに「/Library/Frameworks/R.framework/」のディレクトリを削除(ターミナルからsudoで)。

・Bioconductorのインストール
Rを起動してから

source("http://www.bioconductor.org/biocLite.R") 
biocLite()


・CELファイルのRMA処理→csvファイル(expression.csv)で出力する。

library("affy")
data <- justRMA() 
exprs2excel(data,"expression.csv")


・RMA処理前のデータのhistgram、boxplot、M/Aplotを書く設定ファイル(fig.r)の例

library(affy)
Data <- ReadAffy()
Data
sample.names <- c("hoge1.CEL", "hoge2.CEL", "hoge3.CEL", "hoge4.CEL")
colnames(exprs(Data)) <- sample.names

png(filename="hist.png", width=600, height=600)
hist(Data, type="l", col=c(1:4), lwd=3)
legend(10,10,sampleNames(Data),col=1:4,lty=1:4,lwd=2)
dev.off()

png(filename="boxplot.png", width=600, height=600)
boxplot(Data, col=c(1:8))
dev.off()

png(filename="MAplot.png", width=600, height=600)
par(mfrow=c(2,2))
MAplot(Data, ref=2, which=1:4)
dev.off()

上記fig.rを実行するには

source("fig.r")


・RMA処理後のデータのhistgram、boxplot、M/Aplotを書く設定ファイル(rmaNorm.r)の例

library(affy)
library(annaffy)
library(multtest)

Data <- ReadAffy()
Data
Data.rma <- bg.correct(Data, method="rma")
Data.est <- normalize(Data.rma, method="quantiles")

sample.names <- c("hoge1.CEL", "hoge2.CEL", "hoge3.CEL", "hoge4.CEL")
probe.names <- probeNames(Data)
# colnames(exprs(Data.est))     <- sample.names
# rownames(exprs(Data.est))     <- probe.names
# exprs2excel(Data.est, file = "dataRMA.csv")

jpeg(filename="dataRMABox.jpg")
boxplot(Data.est, col=c(1:4))
dev.off()

jpeg(filename="dataRMAHist.jpg")
hist(Data.est, type="l", col=(1:4), lwd=3)
dev.off()

jpeg(filename="dataRMAMA.jpg")
par(mfrow=c(2,2))
MAplot(Data.est, ref=2, which=1:4)
dev.off()

上記rmaNorm.rを実行するには

source("rmaNorm.r")